發明專利及設計專利有實體審查制度。實體審查是依據專利申請內容針對專利要件進行檢索，確認於該專利申請日前未有用任何方式公開之先前技術。
發明專利在申請時可勾選「本案一併申請實體審查」，並於申請時同時繳納實體審查官方規費新台幣7,000元整。若未勾選，則需在申請日起算3年內提出實體審查之申請，否則該申請視為撤回。
設計專利自文件齊備後由智慧局審查人員直接進行實體審查。